Сохраняя свой острый ум, Конан поселяется в доме своей подруги детства, Ран Мори, и ее отца, бывшего полицейского. Используя хитроумные изобретения профессора Агасы и связи Когоро, Конан расследует сложные преступления, скрывая свою истинную личность.

В то время как Конан борется с преступным миром, он также пытается найти противоядие от пилюли и раскрыть секреты таинственного Черного Синдиката, ответственного за его трансформацию. Сюжет аниме полон напряженных расследований, комедийных моментов и романтических элементов.